某些材料常用的添加型阻燃剂，在材料加工温度下可能会发生少量分解，这一方面限制了某些阻燃剂的使用，另一方面也限制了阻燃材料所采用的加工温度。有很多添加型阻燃剂是填料型的，而为了使材料达到所要求的阻燃级别，往往所需要的添加量较大，因而难于全部在聚合物基体中均匀分散，这又可能降低材料的某些性能。

材料常用的卤系阻燃剂与氧化锑组成的协效系统，虽然能赋予材料很高的氧指数与UL94阻燃级别，能满足很多对火灾要求严格场所的使用范围，但此系统热解及燃烧的时候发烟量比较大，且产生有毒和腐蚀性气体。而当固态阻燃剂的用量很高时，它们熔融聚合物中也难于分散均匀，不良的分散会加剧聚合物的脆性，也会降低阻燃效果。将阻燃剂制成母粒（加工成本过高），或用偶联剂对阻燃剂进行表面处理（目前普遍使用），可以很好的改善阻燃剂在材料中的分散情况。

阻燃剂的另一个问题就是会降低材料的耐光性，而且光稳定剂受阻胺的效果为卤系阻燃剂严重恶化。无机阻燃剂在此方面会稍优于卤系阻燃剂，例如，氧化锌就能大大降低这类添加剂的热老化时间。

与阻燃材料有关的问题还有价格、回收、生态等，一般而言，阻燃材料的价格比未阻燃的要高些，阻燃材料的循环再利用也比未阻燃材料困难。尽管使用阻燃材料是需要付出成本的，但是权衡阻燃产品在当今社会中，提高防火安全性，减少火灾中人民生命财产的损失及环境保护方面的突出贡献，阻燃仍然是我们必要和明智的选择。

在阻燃过程中，大多厂家都采用装木材→加阻燃剂→加水→开始阻燃的顺序。一般说木材刚开始是吸水量大的时候，采用该工艺往往造成木材开始吸收的是浓度极低的阻燃液，这样在木材阻燃过程中，还需要一个使木材所吸收阻燃液浓度由低浓度向正常浓度过度的过程，直接影响了木材的干盐吸收量和吸收速度，进而影响了阻燃效果。而采用加阻燃剂→加水→装木材→开始阻燃的顺序，木材一开始所吸收的就是标准浓度的阻燃液，从而避免了木材吸收的阻燃液由低浓度向正常浓度过度的过程，进而提高了阻燃质量。如果企业有条件的话，能先将阻燃剂配制成规定浓度的阻燃液后再加入阻燃池中，阻燃质量将更好。